Safia Farkash đã ở bên chồng bà cùng gia đình trong nội chiến Libya 2011, tại tư gia của họ ở Tripoli. Sau một lệnh trừng phạt đầu tiên của Liên Hiệp quốc đóng băng tất cả tài sản ở nước ngoài của Libya và của bản thân Gaddafi, chính phủ Pháp và Anh Quốc đã đóng băng số tài sản nhà nước hay cá nhân mà bà sở hữu, ước tính con số này lên tới 18 tỉ Bảng Anh.[6] Vào tháng 5 năm 2011, bà nhận trả lời phỏng vấn lần đầu tiên với phóng viên CNN Nima Elbagir qua điện thoại di động.[7]

Khi Tripoli thất thủ, gia đình bà buộc phải dời bỏ khu nhà ở của mình. Vào ngày 27 tháng 8, hãng thông tân Ai Cập Mena đã đưa tin rằng sáu chiếc Mercedes-Benz bọc sắt, có thể chở những nhân vật cao cấp trong chế độ của Gaddafi, đã vượt qua biên giới tại thị trấn Ghadames để sang Algérie,[8] tuy nhien điều này bị chính quyền Algeria lúc đó phủ nhận. Vào ngày 29 tháng 8, chính phủ Algeria đã chính thức tuyên bố rằng Safia cùng con gái Ayesha và hai con trai Muhammad và Hannibal, đã vượt biên giới sang Algeria vào sớm ngày thứ 2, 29/8.[8][9] Bộ Ngoại giao Algeria nói rằng tất cả nay đều được hộ tống tới thủ đô Algiers, và không một ai trong số họ có tến trong lệnh truy nã của Tòa án Hình sự Quốc tế.